地铁南京站到南京南站可以乘坐地铁S1号线。S1号线是南京地铁的快速通勤线路，全长近50公里，共设站20座。从南京站出发，乘坐S1号线南下，经过多座站点，包括玄武门、鼓楼、珠江路、新街口、南京南站等。整个行程大约需要40分钟左右，具体时间根据当天的交通情况而定。在南京南站下车后，可以换乘其他地铁或公交线路，前往目的地或者继续通勤。