自然哲学是研究自然现象及其规律的科学，数学是自然哲学中不可或缺的一部分。在历史上，出现过许多版本的数学原理，但哪个版本最好呢？

首先，我们需要了解数学原理的作用。数学原理是自然哲学研究的基础，它们可以用来描述自然现象并预测未来的发展趋势。因此，一个好的数学原理需要具备准确性、适用性和实用性。

其次，我们可以从历史角度考虑哪个数学原理最好。在古代，欧几里得几何学是最为流行的数学原理，它建立在精确的公理基础上，被广泛应用于建筑、工程和天文学等领域。然而，在近代，随着科学技术的发展，微积分和数学分析逐渐成为了自然科学研究的重要工具。这些数学原理通过对连续变化的研究，提供了更为精确的描述和预测手段。因此，从历史角度来看，微积分和数学分析是更为优秀的数学原理。

最后，我们可以考虑哪个数学原理在现代自然哲学研究中应用最广泛。在当代自然哲学研究中，量子力学是一个热门话题，而且已经被广泛应用于物理学、化学和生物学等领域。量子力学中的数学原理包括矩阵论、波函数和统计力学等，它们提供了精确的描述和预测方法，同时也有很强的实用性。因此，从现代应用角度来看，量子力学中的数学原理可以说是最好的。

总之，哪个数学原理最好，需要根据不同的角度进行考量。从历史角度来看，微积分和数学分析是更为优秀的数学原理；而从现代应用角度来看，量子力学中的数学原理最为实用。