在《进击的巨人》这部漫画中，始祖巨人是人类历史上最为强大的巨人，拥有控制其他巨人的能力。然而，随着剧情的发展，我们发现始祖巨人并不能完全控制所有的巨人，尤其是那些具有特殊能力的巨人。

首先，我们需要明确一点，始祖巨人的能力并非绝对。虽然他可以通过路径之间的联系控制其他巨人的行动，但他无法完全掌控其他巨人的思想和行为。换句话说，始祖巨人只能控制其他巨人的身体，却无法控制他们的意志和思想。

其次，一些特殊能力的巨人也可以抵制始祖巨人的控制。例如，具有“铠之巨人”和“猎人之巨人”能力的阿尼和赛巴斯蒂安，可以通过自己的能力免疫始祖巨人的控制，从而保持自己的意志和思想。同样的，拥有“不死巨人”能力的尤米尔也可以抵制始祖巨人的控制，使得他在战斗中具有更高的自主性。

最后，始祖巨人也受到自身的限制。由于他的能力需要通过路径之间的联系实现，因此他需要与其他巨人保持一定的距离，否则他的控制能力会变得非常有限。此外，始祖巨人还受到其他因素的影响，例如他的身体状况、精神状态等等，这些都会影响他对其他巨人的控制程度。

总之，始祖巨人并不能完全控制所有的巨人，特殊能力的巨人和其他因素都会影响他的控制程度。这也是《进击的巨人》中的一个重要设定，为故事的发展增加了不少的变数和挑战。