清朝设有多个总督府，这些总督府是管理各个省份的行政机构。在清朝的晚期，总督府的数量不断增加，最终达到了13个。

最早的总督府设立于清朝成立之初，当时只有两个总督府，分别是辽东总督府和山东总督府。这两个总督府的设立是为了加强对满洲和华北地区的控制。

随着清朝不断扩张国土，总督府的数量也逐渐增加。在18世纪末期，清朝设立了广东总督府和福建总督府，用于管理南方的海洋贸易和对台湾的统治。

到了19世纪，由于清朝的国力不断衰弱，外族侵略不断，清朝政府不得不加强对各个省份的管理。于是，清朝陆续设立了江苏总督府、湖南总督府、四川总督府、云南总督府、贵州总督府、吉林总督府和甘肃总督府等。

总的来说，清朝设有13个总督府，分别是辽东总督府、山东总督府、广东总督府、福建总督府、江苏总督府、湖南总督府、四川总督府、云南总督府、贵州总督府、吉林总督府、甘肃总督府、台湾总督府和新疆将军府。这些总督府的设立，不仅加强了清朝对各个省份的管理，也为中国近代的政治、经济和文化发展奠定了基础。