佐助离开大蛇丸的时间是在《火影忍者》中的第三部《疾风传》中。在这一部中，佐助一直在寻找力量，以便能够报复杀害他一族的仇人——宇智波鼬。

佐助在初中生时期被大蛇丸所救，为了得到更强大的力量，他选择成为大蛇丸的弟子。然而，佐助很快就意识到大蛇丸的真正目的是想掌控他的身体，以便能够获得宇智波一族的禁术——万花筒写轮眼。

佐助在大蛇丸的帮助下得到了更强大的能力，但他始终对大蛇丸心存戒备。最终，佐助假装投降，以便能够进入大蛇丸的实验室，并找到有关宇智波一族的秘密。

在大蛇丸的实验室中，佐助遇到了他的哥哥——宇智波带土。带土告诉佐助真相：宇智波鼬并没有袭击佐助的一族，而是被佐助的父亲所杀。佐助意识到自己一直在追求错误的目标，他的仇人并不是宇智波一族，而是他自己的家族。

佐助决定离开大蛇丸，他的目标是要保护他的家族，而不是复仇。佐助的离开，也标志着他的成长和转变。他不再是一个被仇恨和怨念所支配的孩子，而是一个有着自己信念和目标的忍者。

在后续的剧情中，佐助加入了木叶村，并与他的前队友——鸣人和小樱一起组成了新的三人组。佐助的离开并没有结束他的故事，而是为他的成长开启了新的篇章。