《魔法禁书目录》是一部以魔法和科学为主题的轻小说。故事发生在一个以科学技术为主导的未来世界，其中魔法和科学技术并存。主人公上条当麻是一个拥有“幻想杀手”能力的高中生，他在一次意外中遇见了拥有魔法能力的少女御坂美琴。两人因此走到了一起，一起面对了众多的魔法师和科学家的追杀。

故事的主要线索是围绕着“魔法禁书”展开的。魔法禁书是指一些危险的魔法书籍，这些书籍中蕴含的魔法力量足以毁灭整个城市。上条当麻的任务就是找到这些魔法禁书并将其摧毁。在他的冒险中，他遇到了许多强大的魔法师和科学家，还发现了一些惊人的事实。

整个故事中有两条主要的情节线索，分别是“科学”的线索和“魔法”的线索。科学的线索主要描述了科学家们的研究和实验，以及他们试图控制和利用魔法力量的过程。魔法的线索则主要描述了魔法师们的魔法实力和他们之间的斗争。

在故事的后期，上条当麻和御坂美琴发现了一个巨大的阴谋，他们必须一起合作，才能阻止这个阴谋的实现。最终，他们成功地摧毁了最后一个魔法禁书，并揭露了整个阴谋的真相。整个故事以一个非常震撼人心的结局结束，为读者留下了深刻的印象。