机盖小凹陷修复是汽车维修过程中常见的一项操作，但是这种修复方法也存在一些弊端。

首先，机盖小凹陷修复可能会影响汽车的外观美观度。虽然修复后的凹陷可能不会对汽车的整体外观造成太大的影响，但是对于一些对汽车外观要求较高的车主来说，这种修复方法可能会让他们对汽车的外观感到不满意。

其次，机盖小凹陷修复可能会对汽车的安全性产生影响。如果修复工作不专业或者修复方法不恰当，可能会导致机盖强度降低，从而影响汽车的行驶安全性。

另外，机盖小凹陷修复可能会影响汽车的保值率。虽然这种修复方法可以在一定程度上延长汽车的使用寿命，但是如果修复工作不专业或者修复效果不理想，可能会导致汽车的保值率下降。

综上所述，机盖小凹陷修复的弊端主要包括影响汽车的外观美观度、对汽车的安全性产生影响以及可能会影响汽车的保值率。因此，在进行机盖小凹陷修复之前，车主应该慎重考虑，选择专业的维修机构，并确保修复工作符合汽车制造厂商的相关要求。