有些公司在成立的时候，可能会申请两个不同的公章。这种情况在法律上是允许的，但是需要注意合法性和使用方法。

首先，两个公章必须都是在法律上注册过的，具有法律效力。如果其中一个公章没有合法性，那么使用该公章所签署的文件将无效。

其次，两个公章的使用方法要严格区分清楚。一般来说，公司的主要公章用于重要文件的签署，例如合同、协议等，而次要公章则用于一些日常性的文件签署，例如请假条、发文等。如果混淆使用两个公章，可能会导致公司的法律责任问题。

最后，公司应当建立健全的公章管理制度，明确公章的使用权限和流程。所有使用公章的人员都应当接受相关的培训和指导，确保公章的使用规范和合法性。

总之，一个公司有两个公章在法律上是允许的，但是需要注意合法性和使用方法。公司应当建立健全的公章管理制度，保证公章的安全和合法性，避免不必要的法律纠纷。