京东支付是一种在线支付方式，它是由京东集团推出的一款电子支付工具。使用京东支付进行在线支付时，款项会被从绑定的银行卡或余额中扣除。

具体来说，当用户在京东网站或京东APP中选择使用京东支付进行支付时，系统会弹出支付页面，用户需要输入支付密码或指纹验证等信息进行确认，然后系统会自动从用户绑定的银行卡或余额中扣除相应的款项。

如果用户在京东支付中绑定了多张银行卡，系统会默认使用用户设置的默认银行卡进行扣款。如果用户需要更换银行卡进行支付，可以在支付页面中进行选择。

总之，使用京东支付进行在线支付时，款项会从用户绑定的银行卡或余额中扣除，用户可以在支付页面中进行选择和确认。