税务代理公司代理企业缴纳增值税时，需要提供增值税专用发票，而增值税专用发票的合法性需要盖章进行确认。为了保障企业缴纳税款的合法性和准确性，税务机关规定，增值税专用发票必须由税务机关盖章才能进行认证。

税务代理公司在代理企业缴纳增值税时，需要将企业的增值税专用发票提交至税务机关进行审核和认证。在进行审核和认证时，税务机关会对发票的内容和金额进行核对，以确保企业缴纳的税款准确无误。同时，税务机关还会对发票的真实性进行检查，避免企业使用虚假发票进行税务欺诈行为。

税务代理公司在代理企业缴纳增值税时，需要注意以下几点：

1. 确认企业提供的增值税专用发票是否真实、合法。例如，发票的内容是否与企业经营范围相符，发票金额是否正确等。

2. 确认增值税专用发票是否已经盖章。税务机关的盖章是增值税专用发票认证的必要条件，未经过税务机关盖章的发票是无法认证和使用的。

3. 提交增值税专用发票时，需要确保发票的清晰、完整、无遮挡。发票的清晰度和完整度对于税务机关的审核和认证非常重要，因此需要保证发票的质量。

总之，税务代理公司在代理企业缴纳增值税时，需要遵守税务机关的相关规定和要求，确保企业缴纳税款的合法性和准确性。同时，也需要加强对增值税专用发票的管理，提高发票的真实性和准确性，避免企业因为使用虚假发票而遭受税务处罚。