灰原哀是《名侦探柯南》中的重要角色，她是黑暗组织的一员，但后来叛变成为了柯南的盟友。在她成为叛变者之前，她一直是组织中的关键人物，因为她是组织的高层成员之一，负责调查和监视柯南，以及执行组织的任务。而她知道组织的BOSS，是因为有以下几个原因：

首先，灰原哀本身就是组织的一员，因此她自然而然地知道组织的一些内部信息。她在组织中的地位比较高，因此她接触到的信息也更加敏感和重要。在组织内部，BOSS是最高领导人，只有少数高层成员才知道他的真实身份和位置信息。

其次，灰原哀是一名天才少女侦探，她拥有极高的智商和推理能力。在执行组织任务的过程中，她需要不断地分析和研究各种情报和线索，以便更好地完成任务。在这个过程中，她逐渐了解了组织的一些秘密，包括BOSS的身份和位置信息。

最后，灰原哀在柯南的帮助下，逐渐了解了组织的真相，并开始反抗组织。在这个过程中，她不断地收集和分析组织的情报，以便更好地了解组织的内部情况。在这个过程中，她也逐渐了解了BOSS的身份和位置信息。

总之，灰原哀知道组织BOSS的身份和位置信息，是因为她既是组织的一员，又是一名天才侦探，在不断地执行任务和收集情报的过程中逐渐了解了组织的内幕。